http://yadi.sk/d/C8z-uSDRL8iNrАкадемик Владимир Гвоздев провел в Институте молекулярной генетики РАН (бывш. РБО Института им.Курчатова) семинар памяти Романа Бениаминовича Хесина-Лурье.
Это был человек с уникальной научной и человеческой судьбой, широко известный прежде всего тем, как он сломал известный и казавшийся непоколебимым ложный стереотип постоянства генома. Его монография так и называлась «Непостоянство генома» – сводка данных об этом. Все другие попытки отвергались, авторы подвергались шельмованию. После выхода «Непостоянства генома» научный люд сильно удивился, «что пот и Хесин тоже», но ему верили и поверили на этот раз. Именно благодаря Хесину Запад вынужден был принять истинность открытия мобильных элементов Евгения Ананьева и Владимира Гвоздева, статья была опубликована в журнале «Chromosoma».
Семинар был проведен в день рождения Хесина 24 марта и его тема удивительным образом продолжала линию Хесина, когда правыми оказываются немногие или даже конкретно один человек.
Биология давно вышла из пеленок гуманитарщины, который в пубертатной фазе развития науки проходит каждое направления. Генетика стала одной из самых формализованных наук на высшем уровне даже для физики. Однако по признанию в том направлении, которое представлено на семинаре, артефактных работ с шумом вместо данных 80-85%. Пробивать публикации приходится сквозь выраженное желание референта зарубить статью.
Об этом сказал Сергей Дмитриев, старший научный сотрудник НИИ Физико-химической биологии имени А.Н. Белозерского МГУ, отвечая на вопросы МП после своей блестящей и по форме и по содержательной лекции «С чего начать: выбор стартового кодона при инициации трансляции у эукариот».
Конкретно ему и его группе удалось сделать достаточно много. Общий смысл в том, что запуск трансляции у прокариот, архей и эукариот включая нас с вами организован по-разному. Для эукариот эволюция выработала жесткий механизм распознавания стартового кодона (набора трех нуклеотидов в матричной РНК), чтобы исключить неправильные случайные старты, чтобы не портить живую клетку плохими белками. Если же взять простую модель с использованием бактериальной плазмиды (маленькая дополнительная хромосомка с аппаратом запуска копирования), то клетке многоклеточных организмов происходит все что угодно, т.е. фактически идет шумовая трансляция.
Гвоздев отметил, что за мобильный элемент L1 докладчик получил медаль Академии наук для молодых ученых. Тогда он был совсем молодой, теперь на взлете карьеры. Очень хороший был студент. Кроме работы в лаборатории, успешно боролся против закона о госзакупках, чтобы по грантам не было тендеров и их у в его сфере не было. Работает председателем Совета молодых ученых МГУ, используя площадку для защиты науки и конкретных ученых.
После лекции собрались за чашкой чая (без рюмок!) вспомнить Хесина. Дмитриев посетовал, что общественная деятельность отнимает много сил и времени, мешая работе в лаборатории. Однако бросать свое дело он не собирается и тем более не собирается уезжать.
Такие люди в российской науке не дадут ее убить – только вместе с нами!
Сообщения
Сергей Дмитриев блестяще запустил трансляцию на семинаре Хесина. В его сфере работ с артефактами до 85%
Сегодня в полдень Институт молекулярной генетики РАН на пл.Курчатова (бывш. РБО Института Курчатова) прошел семинар памяти Романа Бениаминовича Хесина-Лурье: Сергей Евгеньевич Дмитриев, старший научный сотрудник НИИ Физико-химической биологии имени А.Н. Белозерского МГУ.
Тема: «С чего начать: выбор стартового кодона при инициации трансляции у эукариот»
Ведет семинар академик Владимир Алексеевич Гвоздев, заведующий лабораторией биохимической генетики животных Института молекулярной генетики РАН.
Гвоздев начал с того что у нас прошло много таких семинаров, но впервые день-в-день рождения Хесина. Первый семинар выступал Спирин тоже по трансляции и он отметил вклад Хесина в селекционную науку.
Гвоздев проводит семинары памяти Хесина ежегодно с конца 80-х без пропусков. Не все доклады удачны так, как это получилось сегодня но в целом уровень высокий. Лекция Дмитриева прошла на уровне фантастики и в содержательно плане и по форме. С учетом того что я серьезно отстал в данной сфере, понял сравнительно много, настолько все было четко и язно.. У этого человека дар которым был у Хесина Блюменфельда Тимофеева-Ресовского и разумеется у самого Гвоздева – дар выбора существенного.
Дмитриев лично Хесина не знал, когда его не стало, пошел в школу. Он занимался тоже проблемами синтеза белка это был драматический момент его жизни, его уволили.
Лекция будет посвящена одному аспекту белкового синтеза с заходом в другие самому началу синтеза. Рибосоме нужно найти правильный триплет начала синтеза, чтобы получился правильный белок. Неправильные портят клетку. Инициаторная метионил-тРНК.
У бактерий два способа: внутреннее связывания и реинициализация или безлидерные мРНК. Начинаются прямо с АУГ кодона. Стартовый кодон почти всегда АУГ.
У эукариот ситуация самая сложная. Реинициализация редчайший способ. IRES известно для вирусных РНК. Для клеточных мРНК только артефакты. Рибосома внутрь мРНК садиться не могут, для этого нужны специальные структуры. РНК связывающиеся с кепом в зависимости от стресса не работают.
Ауг кодон узнается не всегда, он должен быть в контексте например ANNAUGG.
Скорость сканирования оказалась не так велика несколько нуклеотидов в секунду.
IRES элемент пикоррнавирусного типа 4Gбелок связывается.
Доставка тРНК в рибосому у бактерий садится сама ей помогает консервативный белок который есть у всех IF2. Начиная с архей появляется другой белок aIF2. У эукариот именно он. Имеет элонгационные свойства. Эти факторы являются АТФ-азами. У эукариот иначе чем у бактерий комплекс образуется до появления мРНК. Система поиска АУГ кодона четко регулируется. Так придумано природой.
Инактивация eIF2 при клеточных стрессах все с чем сталкивается клетка при охлаждении вирусной инфекции тепловой шок и т.п. Самая новая киназа активируется только когда мРНК появляется есть только у позвоночных. Самая древняя киназа активируется когда в клетке не хватает аминокислот.
Маленький белок eIF1 препятствует аккомодации Мет-еРНК в P-сайте. Если его нет, спаривание с любым кодоном _УГ. Фактор чисто термодинамически определяет точное спаривание.
eIF5-стимулируемый гидролиз ГТФ служит триггером узнавания АУГ.
eIF1 и eIF5 конкурируют друг с другом.
Мы работали in vitro. Белок eIF5 в клетке подвержен фосфорилированию.
У архей какого-либо аналога eIF5 нет. Мы показали в гетерологичной системе млекопитающий aIF2 может поддерживать сканирование.
Неканонические механизмы выбора стартового кодона самое интересное для нас.
Рибосома садится прямо на стартовый кодон. Вирус неизлечимой болезни гепатит C можно подцепить у зубного врача. Немного похоже на бактерии, но здесь нужна сложная структура преодоления неумения рибосомы садиться прямо на РНК. Особый IRES элемент вируса гепатита C продолжает транслироваться даже при тяжелых воздействиях например мышьяком и IRES пикорнавирусного типа падает. Получается бактериальный путь доставки мРНК.
Нам удалось открыть новый эукариотический фактор инициации трансляции eIF2D позволяющий образовывать 48S инициаторный комплекс. Его нет только у некоторых одноклеточных. ГТФ ему не нужен. Сканирование не может поддерживать. Но способен сажать не только инициаторную но и элонгационную РНК.
Если в дрожжах убрать eIF2D ничего не происходит. Если убрать два фактора дрожжи начинают хуже расти.
Мы вместе с Аллой Калмыковой пытаемся понять что происходит у мух.
IRES элемент вируса паралича сверчка. Очень сложный элемент три псевдоузла. Часть структуры представляет собой мРНК, часть парадирует запаривающуюся с ней тРНК. Начинается не с метилового а с аланилового.
Безлидерными РНК мы тоже занимались апофеоз диверсификации. Реинициализация. У вирусов бывает черт те что. У клеточных м.б. два цистрона не больше.
Структура мРНК и схема жизненного цикла ретротранспозона LINE-1 человека. Пять тыс копий, 15% ДНК представляет собой целыми и оборванными его копиями. Еще 50% копии полученные обратной транскриптазой.
Трансляция мРНК гена стрессового ответа АТФ4 активируется при фосфорилировании eIF2 благодаря наличию нескольких uORF. Схема довольно распространения.
Интересный случай. Регуляция в развитии. Сложная система рамок и мРНК транслируется только там где нужно
Метод рибосомного профайлинга основан на новом способе секвенирования Ingolia et al/ 2009.
Неканоническая инициация трансляции на не-АУГ кодонах. Почти половина АУГ, на втором месте с большим отставанием ЦУГ и затем целый блок примерно с близкой частотой УУГ АЦГ АГГ АУЦ АУУ ААГ АУА.
Роль uORF и не-АУГ инициации трансляции выявляется методом рибосомного профайлинга мРНК с единственной uORF определенной длины.
Мы обнаружили при стрессе голодания одновременно по кислороду и глюкозе 20-60 минут. Интересный случай.
Благодарности Алла Калмыкова Елена Столбушкина Мария Гарбер Александр Спирин и др.
Наша группа входит в лабораторию Шацкого: Десислава Макеева Ксения Акулич Софья Полянская Павел Синицын Сергей Дмитриев Илья Теренин и др.
Вопросы
Если вводите в эукариотическую клетку плазмиду трансляция идет отовсюду, никакого IRES там нет. Люди берут что попроще и получают огромное количество артефактов.
У нас Агол главный или вы не так высоко его ставите, спросил Гвоздев. Дмитриев ответил что Агол для него абсолютный авторитет. Он занимался IRES. Потом Татьяна Пестова тоже от Агола.
Когда контекст идеальный все равно часть рибосом проскальзывает.
Проблема длинных то ли кодирующих то ли не кодирующих РНК решается с помощью рибосомного профайлинга позволяет посмотреть транслируется или нет.
При тепловом шоке синтез через пять минут может подавиться до нуля.
По поводу микроРНК столько мусора опубликовано что разобраться невозможно. пример того что нынешняя модель науки не работает. микроРНК тоже является регулятором.
Гвоздев: Джоан Стейтс делала блестящий доклад в Киеве на советско-американской конференции про шайнданльгано (что бы оно значило? Со слуха невнятно) две комплементарные последовательности в рибосоме и в мРНК. И мы думали что вот теперь будет с Америкой дружба, ностальгически вспомнил Гвоздев.
Светлана Андреевна: – Дмитриев рибосомный профайлинг вскрыл очень много транскрипционных событий. ЦУГ открывает другую рамку которая заходит в основную. Шум абсолютно точно есть. Вы видите много ридов, а это шум.
Гвоздеву было неясно как устанавливается инициирующий кодон? Дмитриев: метод рибосомного профайлинга выявляет фазу трансляции. Подскок ридов за 13 нуклеотидов до стартового кодона. У Гвоздева подозрение что раньше есть инициирующий кодон. Рибосома накрывает всю область с инициирующим кодоном в середине. Антибиотик который прерывает трансляцию оказалось прерывает на некоторых кодонах после стартового
Л.М.: Сколько в вашей сфере работ с артефактами? Как вам удается доказывать свою правоту? Это бывает при любой модели науки, наука в этой стране настолько устойчива, то ей все равно какая модель. А такая ситуация когда все неправы а один-два человека правы и это признается спустя много лет. Так было с работами Внучковой и Марьяхиной, с моей собственной работой, собственно из-за этого я ушел из науки.
Дмитриев сказал что работ с артефактами 80-85%. Часто натыкаешься на рефери который явно хочет забодать работу.
Гвоздев сказал за мобильный элемент L1 докладчик получил медаль Академии наук для молодых ученых тогда он был совсем молодой, теперь на взлете карьеры. Очень хороший был студент. Боролся против закона о госзакупках, чтобы по грантам не было тендеров и их у нас не было. Председатель Совета молодых ученых МГУ.
Дмитриев с радостью поблагодарил за вопросы.
Это был человек с уникальной научной и человеческой судьбой, широко известный прежде всего тем, как он сломал известный и казавшийся непоколебимым ложный стереотип постоянства генома. Его монография так и называлась «Непостоянство генома» – сводка данных об этом. Все другие попытки отвергались, авторы подвергались шельмованию. После выхода «Непостоянства генома» научный люд сильно удивился, «что пот и Хесин тоже», но ему верили и поверили на этот раз. Именно благодаря Хесину Запад вынужден был принять истинность открытия мобильных элементов Евгения Ананьева и Владимира Гвоздева, статья была опубликована в журнале «Chromosoma».
Семинар был проведен в день рождения Хесина 24 марта и его тема удивительным образом продолжала линию Хесина, когда правыми оказываются немногие или даже конкретно один человек.
Биология давно вышла из пеленок гуманитарщины, который в пубертатной фазе развития науки проходит каждое направления. Генетика стала одной из самых формализованных наук на высшем уровне даже для физики. Однако по признанию в том направлении, которое представлено на семинаре, артефактных работ с шумом вместо данных 80-85%. Пробивать публикации приходится сквозь выраженное желание референта зарубить статью.
Об этом сказал Сергей Дмитриев, старший научный сотрудник НИИ Физико-химической биологии имени А.Н. Белозерского МГУ, отвечая на вопросы МП после своей блестящей и по форме и по содержательной лекции «С чего начать: выбор стартового кодона при инициации трансляции у эукариот».
Конкретно ему и его группе удалось сделать достаточно много. Общий смысл в том, что запуск трансляции у прокариот, архей и эукариот включая нас с вами организован по-разному. Для эукариот эволюция выработала жесткий механизм распознавания стартового кодона (набора трех нуклеотидов в матричной РНК), чтобы исключить неправильные случайные старты, чтобы не портить живую клетку плохими белками. Если же взять простую модель с использованием бактериальной плазмиды (маленькая дополнительная хромосомка с аппаратом запуска копирования), то клетке многоклеточных организмов происходит все что угодно, т.е. фактически идет шумовая трансляция.
Гвоздев отметил, что за мобильный элемент L1 докладчик получил медаль Академии наук для молодых ученых. Тогда он был совсем молодой, теперь на взлете карьеры. Очень хороший был студент. Кроме работы в лаборатории, успешно боролся против закона о госзакупках, чтобы по грантам не было тендеров и их у в его сфере не было. Работает председателем Совета молодых ученых МГУ, используя площадку для защиты науки и конкретных ученых.
После лекции собрались за чашкой чая (без рюмок!) вспомнить Хесина. Дмитриев посетовал, что общественная деятельность отнимает много сил и времени, мешая работе в лаборатории. Однако бросать свое дело он не собирается и тем более не собирается уезжать.
Такие люди в российской науке не дадут ее убить – только вместе с нами!
Сообщения
Сергей Дмитриев блестяще запустил трансляцию на семинаре Хесина. В его сфере работ с артефактами до 85%
Сегодня в полдень Институт молекулярной генетики РАН на пл.Курчатова (бывш. РБО Института Курчатова) прошел семинар памяти Романа Бениаминовича Хесина-Лурье: Сергей Евгеньевич Дмитриев, старший научный сотрудник НИИ Физико-химической биологии имени А.Н. Белозерского МГУ.
Тема: «С чего начать: выбор стартового кодона при инициации трансляции у эукариот»
Ведет семинар академик Владимир Алексеевич Гвоздев, заведующий лабораторией биохимической генетики животных Института молекулярной генетики РАН.
Гвоздев начал с того что у нас прошло много таких семинаров, но впервые день-в-день рождения Хесина. Первый семинар выступал Спирин тоже по трансляции и он отметил вклад Хесина в селекционную науку.
Гвоздев проводит семинары памяти Хесина ежегодно с конца 80-х без пропусков. Не все доклады удачны так, как это получилось сегодня но в целом уровень высокий. Лекция Дмитриева прошла на уровне фантастики и в содержательно плане и по форме. С учетом того что я серьезно отстал в данной сфере, понял сравнительно много, настолько все было четко и язно.. У этого человека дар которым был у Хесина Блюменфельда Тимофеева-Ресовского и разумеется у самого Гвоздева – дар выбора существенного.
Дмитриев лично Хесина не знал, когда его не стало, пошел в школу. Он занимался тоже проблемами синтеза белка это был драматический момент его жизни, его уволили.
Лекция будет посвящена одному аспекту белкового синтеза с заходом в другие самому началу синтеза. Рибосоме нужно найти правильный триплет начала синтеза, чтобы получился правильный белок. Неправильные портят клетку. Инициаторная метионил-тРНК.
У бактерий два способа: внутреннее связывания и реинициализация или безлидерные мРНК. Начинаются прямо с АУГ кодона. Стартовый кодон почти всегда АУГ.
У эукариот ситуация самая сложная. Реинициализация редчайший способ. IRES известно для вирусных РНК. Для клеточных мРНК только артефакты. Рибосома внутрь мРНК садиться не могут, для этого нужны специальные структуры. РНК связывающиеся с кепом в зависимости от стресса не работают.
Ауг кодон узнается не всегда, он должен быть в контексте например ANNAUGG.
Скорость сканирования оказалась не так велика несколько нуклеотидов в секунду.
IRES элемент пикоррнавирусного типа 4Gбелок связывается.
Доставка тРНК в рибосому у бактерий садится сама ей помогает консервативный белок который есть у всех IF2. Начиная с архей появляется другой белок aIF2. У эукариот именно он. Имеет элонгационные свойства. Эти факторы являются АТФ-азами. У эукариот иначе чем у бактерий комплекс образуется до появления мРНК. Система поиска АУГ кодона четко регулируется. Так придумано природой.
Инактивация eIF2 при клеточных стрессах все с чем сталкивается клетка при охлаждении вирусной инфекции тепловой шок и т.п. Самая новая киназа активируется только когда мРНК появляется есть только у позвоночных. Самая древняя киназа активируется когда в клетке не хватает аминокислот.
Маленький белок eIF1 препятствует аккомодации Мет-еРНК в P-сайте. Если его нет, спаривание с любым кодоном _УГ. Фактор чисто термодинамически определяет точное спаривание.
eIF5-стимулируемый гидролиз ГТФ служит триггером узнавания АУГ.
eIF1 и eIF5 конкурируют друг с другом.
Мы работали in vitro. Белок eIF5 в клетке подвержен фосфорилированию.
У архей какого-либо аналога eIF5 нет. Мы показали в гетерологичной системе млекопитающий aIF2 может поддерживать сканирование.
Неканонические механизмы выбора стартового кодона самое интересное для нас.
Рибосома садится прямо на стартовый кодон. Вирус неизлечимой болезни гепатит C можно подцепить у зубного врача. Немного похоже на бактерии, но здесь нужна сложная структура преодоления неумения рибосомы садиться прямо на РНК. Особый IRES элемент вируса гепатита C продолжает транслироваться даже при тяжелых воздействиях например мышьяком и IRES пикорнавирусного типа падает. Получается бактериальный путь доставки мРНК.
Нам удалось открыть новый эукариотический фактор инициации трансляции eIF2D позволяющий образовывать 48S инициаторный комплекс. Его нет только у некоторых одноклеточных. ГТФ ему не нужен. Сканирование не может поддерживать. Но способен сажать не только инициаторную но и элонгационную РНК.
Если в дрожжах убрать eIF2D ничего не происходит. Если убрать два фактора дрожжи начинают хуже расти.
Мы вместе с Аллой Калмыковой пытаемся понять что происходит у мух.
IRES элемент вируса паралича сверчка. Очень сложный элемент три псевдоузла. Часть структуры представляет собой мРНК, часть парадирует запаривающуюся с ней тРНК. Начинается не с метилового а с аланилового.
Безлидерными РНК мы тоже занимались апофеоз диверсификации. Реинициализация. У вирусов бывает черт те что. У клеточных м.б. два цистрона не больше.
Структура мРНК и схема жизненного цикла ретротранспозона LINE-1 человека. Пять тыс копий, 15% ДНК представляет собой целыми и оборванными его копиями. Еще 50% копии полученные обратной транскриптазой.
Трансляция мРНК гена стрессового ответа АТФ4 активируется при фосфорилировании eIF2 благодаря наличию нескольких uORF. Схема довольно распространения.
Интересный случай. Регуляция в развитии. Сложная система рамок и мРНК транслируется только там где нужно
Метод рибосомного профайлинга основан на новом способе секвенирования Ingolia et al/ 2009.
Неканоническая инициация трансляции на не-АУГ кодонах. Почти половина АУГ, на втором месте с большим отставанием ЦУГ и затем целый блок примерно с близкой частотой УУГ АЦГ АГГ АУЦ АУУ ААГ АУА.
Роль uORF и не-АУГ инициации трансляции выявляется методом рибосомного профайлинга мРНК с единственной uORF определенной длины.
Мы обнаружили при стрессе голодания одновременно по кислороду и глюкозе 20-60 минут. Интересный случай.
Благодарности Алла Калмыкова Елена Столбушкина Мария Гарбер Александр Спирин и др.
Наша группа входит в лабораторию Шацкого: Десислава Макеева Ксения Акулич Софья Полянская Павел Синицын Сергей Дмитриев Илья Теренин и др.
Вопросы
Если вводите в эукариотическую клетку плазмиду трансляция идет отовсюду, никакого IRES там нет. Люди берут что попроще и получают огромное количество артефактов.
У нас Агол главный или вы не так высоко его ставите, спросил Гвоздев. Дмитриев ответил что Агол для него абсолютный авторитет. Он занимался IRES. Потом Татьяна Пестова тоже от Агола.
Когда контекст идеальный все равно часть рибосом проскальзывает.
Проблема длинных то ли кодирующих то ли не кодирующих РНК решается с помощью рибосомного профайлинга позволяет посмотреть транслируется или нет.
При тепловом шоке синтез через пять минут может подавиться до нуля.
По поводу микроРНК столько мусора опубликовано что разобраться невозможно. пример того что нынешняя модель науки не работает. микроРНК тоже является регулятором.
Гвоздев: Джоан Стейтс делала блестящий доклад в Киеве на советско-американской конференции про шайнданльгано (что бы оно значило? Со слуха невнятно) две комплементарные последовательности в рибосоме и в мРНК. И мы думали что вот теперь будет с Америкой дружба, ностальгически вспомнил Гвоздев.
Светлана Андреевна: – Дмитриев рибосомный профайлинг вскрыл очень много транскрипционных событий. ЦУГ открывает другую рамку которая заходит в основную. Шум абсолютно точно есть. Вы видите много ридов, а это шум.
Гвоздеву было неясно как устанавливается инициирующий кодон? Дмитриев: метод рибосомного профайлинга выявляет фазу трансляции. Подскок ридов за 13 нуклеотидов до стартового кодона. У Гвоздева подозрение что раньше есть инициирующий кодон. Рибосома накрывает всю область с инициирующим кодоном в середине. Антибиотик который прерывает трансляцию оказалось прерывает на некоторых кодонах после стартового
Л.М.: Сколько в вашей сфере работ с артефактами? Как вам удается доказывать свою правоту? Это бывает при любой модели науки, наука в этой стране настолько устойчива, то ей все равно какая модель. А такая ситуация когда все неправы а один-два человека правы и это признается спустя много лет. Так было с работами Внучковой и Марьяхиной, с моей собственной работой, собственно из-за этого я ушел из науки.
Дмитриев сказал что работ с артефактами 80-85%. Часто натыкаешься на рефери который явно хочет забодать работу.
Гвоздев сказал за мобильный элемент L1 докладчик получил медаль Академии наук для молодых ученых тогда он был совсем молодой, теперь на взлете карьеры. Очень хороший был студент. Боролся против закона о госзакупках, чтобы по грантам не было тендеров и их у нас не было. Председатель Совета молодых ученых МГУ.
Дмитриев с радостью поблагодарил за вопросы.